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    July 28

    统计局:上半年城镇职工平均工资增18%

    2008年07月28日10:48  新华网 
      新华网北京7月28日电 (周英峰 曾琴) 中国国家统计局28日发布的数据显示,今年
    上半年,全国城镇单位在岗职工平均工资为12964元,比去年同期增长18.0%。

      国家统计局数据显示,今年上半年,城镇国有经济单位平均工资为13800元,同比增
    长17.0%;城镇集体经济单位为7789元,增长18.9%;城镇其他经济类型单位为12610元,
    增长19.2%。

      统计显示,2007年全年,全国城镇单位在岗职工平均工资为24932元。其中,2007年
    上半年为10990元,同比增长18.5%。
     
    啥世道啊,都没钱吃饭了,可怜俺这个处于低保线以下的穷光蛋。
    7.28
    July 27

    唉,睡不着了

    刚跟jinzhili聊了大学的同学以及一些很8g的事,就睡不着了。
    因为还聊了当时暗自喜欢的女生,哈哈。
    仿如昨日,可惜早已远逝,跟他们成为同学,真是一生最幸福的事之一了。
    挺想大家的。
    不说了,不想了,且睡觉去。
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    April 24

    学习雷锋好榜样

    学习雷锋好榜样
        
    洪  源词
    生  茂曲

    学习雷锋好榜样, 忠于革命忠于党,
    爱憎分明不忘本, 立场坚定斗志强。

    学习雷锋好榜样, 艰苦朴素永不忘,
    愿做革命的螺丝钉, 集体主义思想放光芒。

    学习雷锋好榜样, 毛主席的教导记心上,
    全心全意为人民, 共产主义品德多高尚。

    学习雷锋好榜样, 毛泽东思想来武装,
    保卫祖国握紧枪, 努力学习天天向上。


    小时候唱的很熟的歌曲,声声意犹在耳,很好听的歌曲阿。
    以后要尽量多做好事,积攒人品,绝不跟女人搞暧昧,太puke了。
    April 14

    这两天生病了。

    不是很走运,希望最近能把代谢组学的的理论搞定,并把NMR的谱读好,马上做酵母的实验,上帝保佑一切顺利。
    November 25

    蛋白质折叠

    早在大约18个月以前就开始看了点蛋白质折叠方面的文章,那个时候是试图对它的动力学过程进行模拟,不过,由于蛋白质是生物大分子,如果用量子化学计算的精确方法进行模拟,那是不可能的事,而且蛋白质模拟过程中的势能函数也不精确,半经验的方法在解决实际问题中有很大的困难,所以也就放弃了蛋白质的动力学模拟,转而去搞小分子,如氨基酸,小肽等的从头算。最近,学习了生物大分子的有关课程,觉得蛋白质的折叠在我们的生命过程中尤其重要,尤其是现在很多疾病的产生跟蛋白质的错误折叠有关,著名的CELL杂志以及Annu. Rev.等一流的杂志等等都有很多关于蛋白质折叠的文章,现在把蛋白质折叠的一般知识摘录如下:
        一般来说,蛋白质的结构决定其功能(但是目前有些蛋白质没有结构却也有一定的功能,这种现象还在研究中),仅仅知道基因组序列并不能使我们充分了解蛋白质的功能,更无法知道它是如何工作的。蛋白质可凭借相互作用在细胞环境(特定的酸碱度、温度等)下自己组装自己,这种自我组装的过程被称为蛋白质折叠。
        蛋白质折叠问题被列为“21世纪的生物物理学”的重要课题,它是分子生物学中心法则尚未解决的一个重大生物学问题。从一级序列预测蛋白质分子的三级结构并进一步预测其功能,是极富挑战性的工作。研究蛋白质折叠,尤其是折叠早期过程,即新生肽段的折叠过程是全面的最终阐明中心法则的一个根本问题,在这一领域中,近年来的新发现对新生肽段能够自发进行折叠的传统概念做了根本的修正。这其中,X射线晶体衍射和各种波谱技术以及电子显微镜技术等发挥了极其重要的作用。第十三届国际生物物理大会(1999年,简称IUPAB,每三年举行一次)上,Nobel奖获得者Ernst在报告中强调指出,NMR用于研究蛋白质的一个主要优点在于它能极为详细的研究蛋白质分子的动力学,即动态的结构或结构的运动与蛋白质分子功能的关系。目前的NMR技术(虽然X射线晶体衍射在机械蛋白质结构方面有不少应用,但是其不能在液体环境下工作,不能模拟生理的条件进行实验研究,而且不能模拟动力学过程。)已经能够在秒到皮秒的时间域上观察蛋白质结构的运动过程,其中包括主链和侧链的运动,以及在各种不同的温度和压力下蛋白质的折叠和去折叠过程。蛋白质大分子的结构分析也不仅仅只是解出某个具体的结构,而是更加关注结构的涨落和运动。例如,运输小分子的酶和蛋白质通常存在着两种构象,结合配体的和未结合配体的。一种构象内的结构涨落是构象转变所必需的前奏,因此需要把光谱学,波谱学和X 射线结构分析结合起来研究结构涨落的平衡,构象改变和改变过程中形成的多种中间态,又如,为了了解蛋白质是如何折叠的,就必须知道折叠时几个基本过程的时间尺度和机制,包括二级结构(螺旋和折叠)的形成,卷曲,长程相互作用以及未折叠肽段的全面崩溃。多种技术用于研究次过程,如快速核磁共振,快速光谱技术(荧光,远紫外和近紫外圆二色)。
    1蛋白质折叠研究的概况
        在生物体内,生物信息的流动可以分为两个部分:第一部分是存储于
    DNA序列中的遗传信息通过转录和翻译传入蛋白质的一级序列中,这是一维信息之间的传递,三联子密码介导了这一传递过程;第二部分是肽链经过疏水塌缩、空间盘曲、侧链聚集等折叠过程形成蛋白质的天然构象,同时获得生物活性,从而将生命信息表达出来;而蛋白质作为生命信息的表达载体,它折叠所形成的特定空间结构是其具有生物学功能的基础,也就是说,这个一维信息向三维信息的转化过程是表现生命活力所必需的。
        自从20世纪60年代,Anfinsen基于还原变性的牛胰RNase在不需其他任何物质帮助下,仅通过去除变性剂和还原剂就使其恢复天然结构的实验结果,提出了“多肽链的氨基酸序列包含了形成其热力学上稳定的天然构象所必需的全部信息”的“自组装学说”以来,随着对蛋白质折叠研究的广泛开展,人们对蛋白质折叠理论有了进一步的补充和扩展。Anfinsen的“自组装热力学假说”得到了许多体外实验的证明,的确有许多蛋白在体外可进行可逆的变性和复性,尤其是一些小分子量的蛋白,但是并非所有的蛋白都如此。而且由于特殊的环境因素,体内蛋白质的折叠远非如此。
        体内蛋白质的折叠往往需要有其他辅助因子的参与,并伴随有ATP的水解。因此,Ellis 于1987年提出了蛋白质折叠的“辅助性组装学说”。这表明蛋白质的折叠不仅仅是一个
    热力学的过程,显然也受到动力学的控制。有的学者基于有些相似氨基酸序列的蛋白质具有不同的折叠结构,而另外一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却相似的现象,提出了mRNA二级结构可能作为一种遗传密码从而影响蛋白质结构的假说。但目前为止,该假说尚没有任何实验证据,只有一些纯数学论证[3]。那么,蛋白质的氨基酸序列究竟是如何确定其空间构象的呢?围绕这一问题科研人员已进行了大量出色的工作,但迄今为止我们对蛋白质的折叠机制的认识仍是不完整的,甚至有些方面还存在着错误的观点。
        在这方面作出重要贡献的典型研究实例是美国C.B.安芬森小组关于牛胰核糖核酸酶的变性和复性的研究。牛胰核糖核酸酶含有124个氨基酸残基,由8个巯基配对组成4对二硫键。可以计算出酶分子中8个巯基组成4对二硫键的可能方式有105种,这就提供了一个定量估算复性重组的指标。在温和的碱性条件下,8摩尔的浓脲和大量巯基乙醇能使四对二硫键完全还原,整个分子变为无规则卷曲状,酶分子变性。透析去除脲,在氧的存在下,二硫键重新形成,酶分子完全复性,二硫键中成对的巯基都与天然一样,复性分子可以结晶且具有与天然酶晶体相同的X射线衍射花样,从而证实,酶分子在复性过程中,不仅能自发地重新折叠,而且只选择了105种二硫键可能配对方式中的一种。
    2蛋白质折叠机制的理论模型
         ▲框架模型(Framework Model)
         框架模型[4] 假设蛋白质的局部构象依赖于局部的氨基酸序列。在多肽链折叠过程的起始阶段, 先迅速形成不稳定的二级结构单元; 称为“flickering cluster”, 随后这些二级结构靠近接触, 从而形成稳定的二级结构框架;最后,二级结构框架相互拼接,肽链逐渐紧缩,形成了蛋白质的三级结构。这个模型认为即使是一个小分子的蛋白也可以一部分一部分的进行折叠, 其间形成的亚结构域是折叠中间体的重要结构。
        ▲疏水塌缩模型(Hydrophobic Collapse Model)
         在疏水塌缩模型[5]中,疏水作用力被认为是在蛋白质折叠过程中起决定性作用的力的因素。在形成任何二级结构和三级结构之前首先发生很快的非特异性的疏水塌缩。
        ▲扩散-碰撞-粘合机制 (Diffusion-Collision-Adhesion Model)
        该模型认为蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点,在这些位点上生成不稳定的二级结构单元或者疏水簇,主要依靠局部序列的进程或中程(3-4个残基)相互作用来维系。它们以非特异性布朗运动的方式扩散、碰撞、相互黏附,导致大的结构生成并因此而增加了稳定性。进一步的碰撞形成具有疏水核心和二级结构的类熔球态中间体的球状结构。球形中间体调整为致密的、无活性的类似天然结构的高度有序熔球态结构。最后无活性的高度有序熔球态转变为完整的有活力的天然态。
        ▲成核-凝聚-生长模型(Nuclear-Condensation-Growth Model)
        根据这种模型,肽链中的某一区域可以形成“折叠晶核”,以它们为核心,整个肽链继续折叠进而获得天然构象。所谓“晶核”实际上是由一些特殊的氨基酸残基形成的类似于天然态相互作用的网络结构,这些残基间不是以非特异的疏水作用维系的,而是由特异的相互作用使这些残基形成了紧密堆积。晶核的形成是折叠起始阶段限速步骤。
        ▲拼版模型(Jig-Saw Puzzle Model)
        此模型[9]的中心思想就是多肽链可以沿多条不同的途径进行折叠, 在沿每条途径折叠的过程中都是天然结构越来越多, 最终都能形成天然构象, 而且沿每条途径的折叠速度都较快, 与单一途径折叠方式相比, 多肽链速度较快, 另一方面, 外界生理生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单一折叠途径造成较大的影响,而对具有多条途径的折叠方式而言, 这些变化可能给某条折叠途径带来影响, 但不会影响另外的折叠途径, 因而不会从总体上干扰多肽链的折叠, 除非这些因素造成的变化太大以致于从根本上影响多肽链的折叠。
    分子伴侣
        1978 年,Laskey 在进行组蛋白和DNA 在体外生理离子强度实验时发现,必须要有一种细胞核内的酸性蛋白———核质素(nucleoplasmin) 存在时,二者才能组装成核小体,否则就发生沉淀。据此Laskey 称它为“分子伴侣”。分子伴侣是指能够结合和稳定另外一种蛋白质的不稳定构象,并能通过有控制的结合和释放,促进新生多肽链的折叠、多聚体的装配或降解及细胞器蛋白的跨膜运输的一类蛋白质 [10,11] 。分子伴侣是从功能上定义的,凡具有这种功能的蛋白质都是分子伴侣,它们的结构可以完全不同。这一概念目前已延伸到许多蛋白质,现已鉴定出来的分子伴侣主要属于三类高度保守的蛋白质家族[12]:stress 90 family、stress 70 family、stress 60 family。其中stress 60 family存在于真核生物的线粒体(在哺乳动物中称为Hsp58)、叶绿体(称为cpn60)中,在原核生物的细胞质中,它被称为GroEL。
    意义和前景
        蛋白质折叠机制的阐明将揭示生命体内的第二套
    遗传密码,这是它的理论意义。蛋白质折叠的研究,比较狭义的定义就是研究蛋白质特定三维空间结构形成的规律、稳定性和与其生物活性的关系。在概念上有热力学的问题和动力学的问题;蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题;有理论研究和实验研究的问题。这里最根本的科学问题就是多肽链的一级结构到底如何决定它的空间结构?既然前者决定后者,一级结构和空间结构之间肯定存在某种确定的关系,这是否也像核苷酸通过“三联密码”决定氨基酸顺序那样有一套密码呢?有人把这设想的一级结构决定空间结构的密码叫作“第二遗传密码”。
      如果说“
    三联密码”已被破译而实际上已成为明码,那么破译“第二遗传密码”正是“蛋白质结构预测”从理论上最直接地去解决蛋白质的折叠问题,这是蛋白质研究最后几个尚未揭示的奥秘之一。“蛋白质结构预测”属于理论方面的热力学问题。就是根据测得的蛋白质的一级序列预测由Anfinsen原理决定的特定的空间结构。蛋白质氨基酸序列,特别是编码蛋白质的核苷酸序列的测定现在几乎已经成为常规技术,从互补DNA(cDNA)序列可以根据“三联密码”推定氨基酸序列,这些在上一世纪获得重大突破的分子生物学技术,大大加速了蛋白质一级结构的测定。目前蛋白质数据库中已经存有大约17万个蛋白的一级结构,但是测定了空间结构的蛋白大约只有1.2万个,这中间有许多是很相似的同源蛋白,而真正不同的蛋白只有1000多个。随着人类基因组计划的胜利完成,解读了人类DNA的全序列,蛋白质一级结构的数据增长必定会出现爆炸的态势,而空间结构测定的速度远远滞后,因此二者之间还会形成更大的距离,这就更需要进行蛋白质结构的预测。
        同时,它还存在重要的潜在应用前景,例如以下几个方面:
        ▲利用
    DNA重组技术可以将外源基因导入宿主细胞。但重组基因的表达产物往往形成无活性的、不溶解的包涵体。折叠机制的阐明对包涵体的性会有重要帮助。
        ▲DNA重组和多肽合成技术的发展使我们能够按照自己的意愿设计较长的多肽链。但由于我们无法了解这一多肽将折叠为何种构象,从而无法按照自己意愿设计我们需要的、具有特定功能的蛋白质。
        ▲许多疾病,如
    阿兹海默症(Alzheimer's),疯牛病(Mad Cow, BSE),可传播性海绵状脑病(CJD),肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS),还有帕金森氏症(Parkinson's)等正是由于一些细胞内的重要蛋白发生突变,导致蛋白质聚沉或错误折叠而造成的。因此,深入了解蛋白质折叠与错误折叠的关系对于这些疾病的致病机制的阐明以及治疗方法的寻找将大有帮助。
        ▲基因组序列的发展使我们得到了大量的蛋白质序列,结构信息的获得对于揭示它们的生物学功能是十分重要的。依靠现有手段(X-ray晶体衍射、
    NMR电镜)测定蛋白质的结构需要较长的时间,因此结构解析的步伐已落后于发现新蛋白的步伐。而结构预测的方法虽然速度较快,但可靠性并不高,只有当我们对于维持蛋白质结构,驱动蛋白质折叠的理化因素更为了解,这一方法才可能有根本的改进。另外,我们对于蛋白质相互作用、配体与蛋白质的作用等结构与功能关系的研究也有赖于蛋白质折叠机制的阐明。
    蛋白质折叠与“折叠病” 】 
        人们对由于基因突变造成蛋白质分子中仅仅一个氨基酸残基的变化就引起疾病的情况已有所了解,即所谓“分子病”,如地中海镰刀状红血球贫血症就是因为血红蛋白分子中第六位的谷氨酸突变成了颉氨酸。现在则发现蛋白质分子的氨基酸序列没有改变,只是其结构或者说构象有所改变也能引起疾病,那就是所谓“构象病”,或称“折叠病”。 
        大家都知道的疯牛病,它是由一种称为Prion的蛋白质的感染引起的,这种蛋白质也可以感染人而引起神经系统疾病。在正常机体中,Prion是正常神经活动所需要的蛋白质,而致病Prion与正常Prion的一级结构完全相同,只是空间结构不同。这一疾病的研究涉及到许多生物学的基本问题。一级结构完全相同的蛋白质为什么会有不同的空间结构,这与Anfinsen原理是否矛盾?显然这里有蛋白质的能量和稳定性问题。 
        从来认为蛋白结构的变化来自于序列的变化,而序列的变化来自于基因的变化,生命信息从核酸传递到蛋白。而致病Prion的信息已被诺贝尔奖获得者普鲁辛纳证明不是来自基因的变化,致病蛋白Prion导致正常蛋白Prion转变为致病的折叠状态是通过蛋白分子间的作用而感染!这种相互作用的本质和机制是什么?仅仅改变了折叠状态的分子又如何导致严重的疾病?这些问题都不能用传统的概念给予满意的解释,因此在科学界引起激烈的争论,有关研究的强度和竞争性也随之大大增强。 
         由于蛋白质折叠异常而造成分子聚集甚至沉淀或不能正常转运到位所引起的疾病还有老年性痴呆症、囊性纤维病变、家族性高胆固醇症、家族性淀粉样蛋白症、某些肿瘤、
    白内障等等。由于分子伴侣在蛋白质折叠中至关重要的作用,分子伴侣本身的突变显然会引起蛋白质折叠异常而引起折叠病。随着蛋白质折叠研究的深入,人们会发现更多疾病的真正病因和更针对性的治疗方法,设计更有效的药物。现在发现有些小分子可以穿越细胞作为配体与突变蛋白结合,从而使原已失去作战能力的突变蛋白逃逸“蛋白质质量控制系统”而“带伤作战”。这种小分子被称为“药物分子伴侣”,有希望成为治疗“折叠病”的新药。 新生肽的折叠问题或蛋白质折叠问题不仅具有重大的科学意义,除了上面提到的在医学上的应用价值外,在生物工程上具有极大的应用价值。基因工程和蛋白工程已经逐渐发展成为产值以数十亿美元计的大产业,进入21世纪后,还将会有更大的发展。但是当前经常遇到的困难,是在简单的微生物细胞内引入异体DNA后所合成的多肽链往往不能正确折叠成为有生物活性的蛋白质而形成不溶解的包含体或被降解。这一“瓶颈”问题的彻底解决有待于对新生肽链折叠更多的认识。
     
    图片来自于 Annu. Rev. Biochem. 2001. 70:603–47里的插图,
    Annu. Rev. Biochem..JPG
    August 06

    第二次握手

    简介 ······

      1956年秋,药物研究所苏冠兰教授家,来了一个华侨打扮的不速女客。教授夫人叶玉菡热情迎接这位不相识的客人;但苏教授却显得又惊愕又痛苦。来客望了望两位主人,什么也没有讲,就匆匆离去。原来,早在1928年,苏冠兰在齐鲁大学读书,暑假去江南度假。一次,他奋不顾身地跳江救了一个落水的姑娘丁洁琼。科学救国的共同志向使他俩产生了爱情。在南京火车站,他俩握手告别,并立下海誓山盟。苏冠兰的父亲苏凤琪,执意迫使儿子与故友的女儿叶玉菡成婚,苏冠兰无奈,只得以"20年后结婚"为借口推迟婚期,不料叶玉菡竟然接受了这个条件。苏冠兰为了摆脱父亲的束缚,准备与丁洁琼一起赴美留学。谁料齐鲁大学校长、美国联邦调查局的特务查路德从中作梗,迫使丁洁琼只身赴美。丁在美国学者奥姆霍斯指导和帮助下获得了博士学位,后因反对美国在广岛使用原子弹,被美监禁,从此中断了与苏冠章的联系。这时,苏冠兰的父亲骗儿子说,丁洁琼已与奥姆霍斯结婚,使苏冠兰痛苦万分。在苏冠兰与美国特务搏斗时,叶玉菡用身子挡住了射向苏冠兰的子弹,苏冠兰深受感动,便与叶玉菡结为夫妻。丁洁琼始终铭记与苏冠兰的誓言,拒绝了奥姆霍斯对她的真诚爱情,毅然回到祖国。当她满怀希望地找到苏冠兰时,才知道苏冠兰已与叶玉菡结婚。丁洁琼怀着深深的痛苦,离开了苏冠兰的家,决定到遥远的边疆去搞科研工作。在周总理的关怀和科学界友人的劝慰中,在苏冠兰、叶玉菡热诚挽留下,丁洁琼抛开了个人的不幸,终于振作精神,第二次和他握起手来。

    作者简介 ······

      1944年5月生于河南长葛,在湖南长沙长大。1961年10月发表处女作。1963年2月,写下短篇小说《浪花》,以后历次重写,1970年稿更名为《归来》,并以手抄本形式流传全国。在流传过程中,改名为《第二次握手》。张扬现为湖南省作家协会专业作家、副主席。
    丁洁琼,女神的化身.
    July 04

    做了个心理测试。

    从age的blog上看到的,试了试,还是挺好玩的,结果贴到下面。
    你的心理年龄(psychological age) 32
    你的成熟度是 128%, 你的心理处在成年时期。你成熟、稳健、老练、实际,能够合情合理地处理现实人生、理想的种种矛盾,比较理智地看待完美与缺陷,获得与丧失。清楚地认识自己,能清明地分辨可能与不能,可为与不可为。但这种状态稍有偏失,你就会走进保守与停滞,也容易导致的将是创造性和人生乐趣的丧失。
    发现跟我不符合啊,郁闷了。
    June 19

    端午节(摘自百度)

    端午节简介

            农历五月初五,是中国民间的传统节日——端午节(the Dragon-Boat Festival),也叫“端阳”、“蒲节”、“天中节”、“大长节”、“沐兰节”、“女儿节”、“小儿节”。它是汉族的传统节日之一。端午也称端五,端阳。此外,端午节还有许多别称,如:午日节、重五节,五月节、浴兰节、女儿节,天中节、地腊、诗人节、龙日、艾节、端五、夏节等等。虽然名称不同,但总体上说,各地人民过节的习俗还是同多于异的。 时至今日,端午节仍是中国人民中一个十分盛行的隆重节日。
            端午节是全年四大节之一。五月是毒月,五日是毒日,五日的中午又是毒时,居三毒之端。端午节又叫“五月端”。五月是整个热天的开端,五毒蛇开始活跃,鬼魅魍魉也会猖獗,这些都会给人特别是会给无所顾忌又无抵抗能力的孩子带来灾难,必须在五月端这天集中地为孩子消灾防毒,因此,人们又把五月端午节说成是“小孩节”或“娃娃节”。
            过端午节,是中国人二千多年来的传统习惯,由于地域广大,民族众多,部分蒙古、壮、布依、朝鲜、侗、瑶、白、土家、哈尼、畲、拉祜、水、纳西族达斡尔、仫佬、羌、仡佬、锡伯族、普米、鄂温克、裕固、鄂伦春等少数民族也过此节,加上许多故事传说,于是不仅产生了众多相异的节名,而且各地也有着不尽相同的习俗。其内容主要有:女儿回娘家,挂钟馗像,迎鬼船、躲午,帖午叶符,悬挂菖蒲艾草,游百病,佩香囊,备牲醴,赛龙舟,比武,击球,荡秋千,给小孩涂雄黄,饮用雄黄酒菖蒲酒,吃五毒饼咸蛋粽子和时令鲜果等,除了有迷信色彩的活动渐已消失外,其余至今流传中国各地及邻近诸国。有些活动,如赛龙舟等,已得到新的发展,突破了时间、地域界线,成为了国际性的体育赛事。

    端午节由来

            关于端午节的由来,说法甚多,诸如:纪念屈原说;纪念伍子胥说 ;纪念曹娥说;起于三代夏至节说;恶月恶日驱避说,吴月民族图腾祭说等等。以上各说,各本其源。据学者闻一多先生的《端午考》和《端午的历史教育》列举的百余条古籍记载及专家考古考证,端午的起源,是中国古代南方吴越民族举行图腾祭的节日,比屈原更早。但千百年来,屈原的爱国精神和感人诗辞,已广泛深入人心,故人们“惜而哀之,世论其辞,以相传焉”,因此,纪念屈原之说,影响最广最深,占据主流地位。在民俗文化领域,中国民众把端午节的龙舟竞渡和吃粽子等,都与纪念屈原联系在一起。
            端午节是古老的传统节日,始于中国的春秋战国时期,至今已有2000多年历史。端午节的由来与传说很多,这里仅介绍以下四种:

            1、源于纪念屈原
            据《史记》“屈原贾生列传”记载,屈原,是战国时期楚怀王的大臣。他倡导举贤授能,富国强兵,力主联齐抗秦,遭到贵族子兰等人的强烈反对,屈原遭馋去职,被赶出都城,流放到沅、湘流域。他在流放中,写下了忧国忧民的《离骚》、《天问》、《九歌》等不朽诗篇,独具风貌,影响深远(因而,端午节也称诗人节)。公元前278年,秦军攻破楚国京都。屈原眼看自己的祖国被侵略,心如刀割,但是始终不忍舍弃自己的祖国,于五月五日,在写下了绝笔作《怀沙》之后,抱石投汨罗江身死,以自己的生命谱写了一曲壮丽的爱国主义乐章。
            传说屈原死后,楚国百姓哀痛异常,纷纷涌到汨罗江边去凭吊屈原。渔夫们划起船只,在江上来回打捞他的真身。有位渔夫拿出为屈原准备的饭团、鸡蛋等食物,“扑通、扑通”地丢进江里,说是让鱼龙虾蟹吃饱了,就不会去咬屈大夫的身体了。人们见后纷纷仿效。一位老医师则拿来一坛雄黄酒倒进江里,说是要药晕蛟龙水兽,以免伤害屈大夫。后来为怕饭团为蛟龙所食,人们想出用楝树叶包饭,外缠彩丝,发展成棕子。
            以后,在每年的五月初五,就有了龙舟竞渡、吃粽子、喝雄黄酒的风俗;以此来纪念爱国诗人屈原。

            2、源于纪念伍子胥
            端午节的第二个传说,在江浙一带流传很广,是纪念春秋时期(公元前770--前476年)的伍子胥。伍子胥名员,楚国人,父兄均为楚王所杀,后来子胥弃暗投明,奔向吴国,助吴伐楚,五战而入楚都郢城。当时楚平王已死,子胥掘墓鞭尸三百,以报杀父兄之仇。吴王阖庐死后,其子夫差继位,吴军士气高昂,百战百胜,越国大败,越王勾践请和,夫差许之。子胥建议,应彻底消灭越国夫差不听,吴国大宰,受越国贿赂,谗言陷害子胥,夫差信之,赐子胥宝剑,子胥以此死。子胥本为忠良,视死如归,在死前对邻舍人说:“我死后,将我眼睛挖出悬挂在吴京之东门上,以看越国军队入城灭吴”,便自刎而死,夫差闻言大怒,令取子胥之尸体装在皮革里于五月五日投入大江,因此相传端午节亦为纪念伍子胥之日。

            3、源于纪念孝女曹娥
            端午节的第三个传说,是为纪念东汉(公元23--220年)孝女曹娥救父投江。曹娥是东汉上虞人,父亲溺于江中,数日不见尸体,当时孝女曹娥年仅十四岁,昼夜沿江号哭。过了十七天,在五月五日也投江,五日后抱出父尸。就此传为神话,继而相传至县府知事,令度尚为之立碑,让他的弟子邯郸淳作诔辞颂扬。
            孝女曹娥之墓,在今浙江绍兴,后传曹娥碑为晋王义所书。后人为纪念曹娥的孝节,在曹娥投江之处兴建曹娥庙,她所居住的村镇改名为曹娥镇,曹娥殉父之处定名为曹娥江。

            4、源于古越民族图腾祭
            近代大量出土文物和考古研究证实:长江中下游广大地区,在新石器时代,有一种几何印纹陶为特征的文化遗存。该遗存的族属,据专家推断是一个崇拜龙的图腾的部族----史称百越族。出土陶器上的纹饰和历史传说示明,他们有断发纹身的习俗,生活于水乡,自比是龙的子孙。其生产工具,大量的还是石器,也有铲、凿等小件的青铜器。作为生活用品的坛坛罐罐中,烧煮食物的印纹陶鼎是他们所特有的,是他们族群的标志之一。直到秦汉时代尚有百越人,端午节就是他们创立用于祭祖的节日。在数千年的历史发展中,大部分百越人已经融合到汉族中去了,其余部分则演变为南方许多少数民族,因此,端午节成了全中华民族的节日。

    端午节习俗

            我国民间过端午节是较为隆重的,庆祝的活动也很丰富,从早晨天蒙蒙亮开始,一直持续到正午才结束。比较普遍的活动有以下种种形式:

            1、赛龙舟
            赛龙舟,是端午节的主要习俗。相传起源于古时楚国人因舍不得贤臣屈原投江死去,许多人划船追赶拯救。他们争先恐后,追至洞庭湖时不见踪迹。之后每年五月五日划龙舟以纪念之。借划龙舟驱散江中之鱼,以免鱼吃掉屈原的身体。竞渡之习,盛行于吴、越、楚。
            其实 ,“龙舟竞渡”早在战国时代就有了。在急鼓声中划刻成龙形的独木舟,做竞渡游戏,以娱神与乐人,是祭仪中半宗教性、半娱乐性的节目。
            后来,赛龙舟除纪念屈原之外,在各地人们还付予了不同的寓意。
            江浙地区划龙舟,兼有纪念当地出生的近代女民主革命家秋瑾的意义。夜龙船上,张灯结彩,来往穿梭,水上水下,情景动人,别具情趣。贵州苗族人民在农历五月二十五至二十八举行“龙船节”,以庆祝插秧胜利和预祝五谷丰登。云南傣族同胞则在泼水节赛龙舟,纪念古代英雄岩红窝。不同民族、不同地区,划龙舟的传说有所不同。直到今天在南方的不少临江河湖海的地区,每年端节都要举行富有自己特色的龙舟竞赛活动。
            清乾隆二十九年(1736年),台湾开始举行龙舟竞渡。当时台湾知府蒋元君曾在台南市法华寺半月池主持友谊赛。现在台湾每年五月五日都举行龙舟竞赛。在香港,也举行竞渡。
            此外,划龙舟也先后传入邻国日本、越南等及英国。1980年,赛龙舟被列入中国国家体育比赛项目,并每年举行“屈原杯”龙舟赛。1991年6月16日(农历五月初五),在屈原的第二故乡中国湖南岳阳市,举行首届国际龙舟节。在竞渡前,举行了既保存传统仪式又注入新的现代因素的“龙头祭”。 “龙头”被抬入屈子祠内,由运动员给龙头“上红”(披红带)后,主祭人宣读祭文,并为龙头“开光”(即点晴)。然后,参加祭龙的全体人员三鞠躬,龙头即被抬去汩罗江,奔向龙舟赛场。此次参加比赛、交易会和联欢活动的多达60余万人,可谓盛况空前。尔后,湖南便定期举办国际龙舟节。赛龙舟将盛传于世。

            2、端午食粽
            端午节吃粽子,这是中国人民的又一传统习俗。粽子,又叫“角黍”、“筒粽”。其由来已久,花样繁多。
            据记载,早在春秋时期,用菰叶(茭白叶)包黍米成牛角状,称“角黍”;用竹筒装米密封烤熟,称“筒粽”。东汉末年,以草木灰水浸泡黍米,因水中含碱,用菰叶包黍米成四角形,煮熟,成为广东碱水粽。
            晋代,粽子被正式定为端午节食品。这时,包粽子的原料除糯米外,还添加中药益智仁,煮熟的粽子称“益智粽”。 时人周处《岳阳风土记》记载:“俗以菰叶裹黍米,……煮之,合烂熟,于五月五日至夏至啖之,一名粽,一名黍。”南北朝时期,出现杂粽。米中掺杂禽兽肉、板栗、红枣、赤豆等,品种增多。粽子还用作交往的礼品。
            到了唐代,粽子的用米,已“白莹如玉”,其形状出现锥形、菱形。日本文献中就记载有“大唐粽子”。宋朝时,已有“蜜饯粽”,即果品入粽。诗人苏东坡有“时于粽里见杨梅”的诗句。这时还出现用粽子堆成楼台亭阁、木车牛马作的广告,说明宋代吃粽子已很时尚。元、明时期,粽子的包裹料已从菰叶变革为箬叶,后来又出现用芦苇叶包的粽子,附加料已出现豆沙、猪肉、松子仁、枣子、胡桃等等,品种更加丰富多彩。
            端午节的早晨家家吃粽子纪念屈原,一般是前一天把粽子包好,夜间煮熟,早晨食用。包粽子主要是用河塘边盛产的嫩芦苇叶,也有用竹叶的,统称粽叶。粽子的传统形式为三角形,一般根据内瓤命名,包糯米的叫米粽,米中掺小豆的叫小豆粽,掺红枣的叫枣粽;枣粽谐音为“早中”,所以吃枣粽的最多,意在读书的孩子吃了可以早中状元。过去读书人参加科举考试的当天,早晨都要吃枣粽,至今中学、大学入学考试日的早晨,家长亦要做枣粽给考生吃。
            煮粽子的锅里一定要煮鸡蛋,有条件的还要再煮些鸭蛋、鹅蛋,吃过蘸糖的甜粽之后,要再吃蘸盐的鸡蛋“压顶”。据说吃五月端粽锅里的煮鸡蛋主夏天不生疮;把粽子锅里煮的鸭蛋、鹅蛋放在正午时阳光下晒一会再吃,整个夏天不头痛。
            一直到今天,每年五月初,中国百姓家家都要浸糯米、洗粽叶、包粽子,其花色品种更为繁多。从馅料看,北方多包小枣的北京枣粽;南方则有豆沙、鲜肉、火腿、蛋黄等多种馅料,其中以浙江嘉兴粽子为代表。吃粽子的风俗,千百年来,在中国盛行不衰,而且流传到朝鲜、日本及东南亚诸国。

            3、佩香囊
            端午节小孩佩香囊,传说有避邪驱瘟之意,实际是用于襟头点缀装饰。香囊内有朱砂、雄黄、香药,外包以丝布,清香四溢,再以五色丝线弦扣成索,作各种不同形状,结成一串,形形色色,玲珑可爱。★在中国某些南方城市,青年男女还用香囊来表达爱意。

            4、悬艾叶菖蒲
            民谚说:“清明插柳,端午插艾”。在端午节,人们把插艾和菖蒲作为重要内容之一。家家都洒扫庭除,以菖蒲、艾条插于门眉,悬于堂中。并用菖蒲、艾叶、榴花、蒜头、龙船花,制成人形或虎形,称为艾人、艾虎;制成花环、佩饰,美丽芬芳,妇人争相佩戴,用以驱瘴。
            艾,又名家艾、艾蒿。它的茎、叶都含有挥发性芳香油。它所产生的奇特芳香,可驱蚊蝇、虫蚁,净化空气。中医学上以艾入药,有理气血、暖子宫、祛寒湿的功能。将艾叶加工成“艾绒”,是灸法治病的重要药材。
            菖蒲是多年生水生草本植物,它狭长的叶片也含有挥发性芳香油,是提神通窍、健骨消滞、杀虫灭菌的药物。
            可见,古人插艾和菖蒲是有一定防病作用的。端午节也是自古相传的“卫生节”,人们在这一天洒扫庭院,挂艾枝,悬菖蒲,洒雄黄水,饮雄黄酒,激浊除腐,杀菌防病。这些活动也反映了中华民族的优良传统。端午节上山采药,则是我国各国个民族共同的习俗。

            5、悬钟馗像
            钟馗捉鬼,是端午节习俗。在江淮地区,家家都悬钟馗像,用以镇宅驱邪。唐明皇开元,自骊山讲武回宫,疟疾大发,梦见二鬼,一大一小,小鬼穿大红无裆裤,偷杨贵妃之香囊和明皇的玉笛,绕殿而跑。大鬼则穿蓝袍戴帽,捉住小鬼,挖掉其眼睛,一口吞下。明皇喝问,大鬼奏曰:臣姓钟馗,即武举不第,愿为陛下除妖魔,明皇醒后,疟疾痊愈,于是令画工吴道子,照梦中所见画成钟馗捉鬼之画像,通令天下于端午时,一律张贴,以驱邪魔。

            6、挂荷包和拴五色丝线
            应劭《风俗通》记载:“五月五日,以五彩丝系臂,名长命缕,一名续命缕,一命辟兵缯,一名五色缕,一名朱索,辟兵及鬼,命人不病瘟”。
            中国古代崇拜五色,以五色为吉祥色。因而,节日清晨,各家大人起床后第一件大事便是在孩子手腕、脚腕、脖子上拴五色线。系线时,禁忌儿童开口说话。五色线不可任意折断或丢弃,只能在夏季第一场大雨或第一次洗澡时,抛到河里。据说,戴五色线的儿童可以避开蛇蝎类毒虫的伤害;扔到河里,意味着让河水将瘟疫、疾病冲走,儿童由此可以保安康。
            孟元老的《东京梦华录》卷八记载:端午节物,百索、艾花、银样鼓儿,花花巧画扇,香糖果子、粽小,白团。紫苏、菖蒲、木瓜、并皆茸切,以香药相和,用梅红匣子盛裹。自五月一日及端午前一日,卖桃、柳、葵花、蒲叶、佛道艾。次日家家铺陈于门首,与五色水团、茶酒供养。又钉艾人于门上,士庶递相宴赏。
            陈示靓的《岁时广记》引《岁时杂记》提及一种“端五以赤白彩造如囊,以彩线贯之,搐使如花形,或带或钉门上,以禳赤口白舌,又谓之搐钱”。以及另一种“蚌粉铃”:“端五日以蚌粉纳帛中,缀之以绵,若数珠。令小儿带之以吸汗也。”这些随身携带的袋囊内容物几经变化,从吸汗的蚌粉、驱邪的灵符、铜钱,辟虫的雄黄粉,发展成装有香料的香囊,制作也日趋精致,成为端午节特有的民间艺品。
            类似还有饮雄黄酒:此种习俗,在长江流域地区的人家很盛行。游百病:此种习俗,盛行于贵州地区的端午习俗。

    端午节诗选

            1、端午
                 (唐)文秀

            节分端午自谁言,万古传闻为屈原;
            堪笑楚江空渺渺,不能洗得直臣冤。

            2、七律·端午
                 (唐)殷尧藩

            少年佳节倍多情,老去谁知感慨生;
            不效艾符趋习俗,但祈蒲酒话升平。
            鬓丝日日添白头,榴锦年年照眼明;
            千载贤愚同瞬息,几人湮没几垂名。

            3、竞渡歌(节录)
                 (唐)张建封

            五月五日天晴明,杨花绕江啼晓鹰;
            使君未出郡斋外,江上早闻齐和声;
            使君出时皆有准,马前已被红旗引;
            两岸罗衣扑鼻香,银钗照日如霜刃;
            鼓声三下红旗开,两龙跃出浮水来;
            棹影斡波飞万剑,鼓声劈浪鸣千雷;
            鼓声渐急标将近,两龙望标目如瞬;
            坡上人呼霹雳惊,竿头彩挂虹霓晕;
            前船抢水已得标,后船失势空挥挠。

            4、节令门·端阳
                 (清)李静山

            樱桃桑椹与菖蒲,更买雄黄酒一壶。
            门外高悬黄纸帖,却疑账主怕灵符。

            5、七律.端午
                  老 舍

            端午偏逢风雨狂,村童仍着旧衣裳;
            相邀情重携蓑笠,敢为泥深恋草堂;
            有客同心当骨肉,无钱买酒卖文章;
            当年此会鱼三尺,不似今朝豆味香。

    端午节对联

            1、千载招魂悲楚仕
               万人抚卷叹离骚

            2、去秽除邪,千户门前悬虎艾
               尊贤吊古,万人江岸喝龙舟

            3、汨罗沉没一流恨
               湘楚长怀千古羞  

            4、难得钟情 两遭流放离骚赋
             惟怀义胆 一佐报国厄运横
      
          5、义报祖国 放逐难泯诗人志
             魂牵桑梓 情爱唯倾荆楚山  

            6、包粽子,举国欢宴聚亲友,
             赛龙舟,把酒吟诗慰圣贤
            7、我为他哭屈落水
             他为我辈壮升天  
      
            8、不畏汨罗河水深
             甘冒东海浪涛激  
      
            9、时逢端午思屈子
               每见龙舟想汩罗  

            10、应悬虎艾赛龙舟吃粽子
                莫赋闲诗撒怨气叹屈公  

            11、报国遭谗两放逐,痴心不改九章出。
              汨罗滚滚万人泪,惟有离骚千古流。  

            12、念故人,万户千家包粽子
              庆佳节,敲锣打鼓赛龙舟

            13、芳草美人屈子赋
              冰心洁玉大夫诗  

            14、赛龙夺锦 鼓声催发健儿奋;
                端日弄波 浆拍浩汤舟队威。  
       
       
            15、箬叶飘香,一粽尝来千古事;
                龙舟逐水,百桡划出四时情。
    May 14

    中国科大收到建校以来最大单笔捐款用于奖助学(zz)

    中新网5月14日电 中国青年报消息,记者从中国科技大学获悉,中国科学院已经正式决
    定设立“中国科学院科大教育基金”,将捐资1亿元重点用于奖励和资助中国科技大学的
    优秀学生和贫困生学习以及在教书育人中作出突出贡献的教职员工。 
       报道称,中科院国有资产经营有限责任公司将捐资1亿元人民币设立此项基金,这是
    中国科技大学建校以来收到的最大的单笔捐助。基金初始本金为1亿元人民币,本金的运
    营收益用于奖励和资助,每年进行一次。基金主要用于3个方面,一是设立奖学金,奖励
    品学兼优的各类创新型人才,培养全面发展的高素质英才;二是设立助学项目,帮助贫
    困学生顺利完成学业,实现教育的社会公平;三是设立奖教金,奖励在教书育人中作出
    突出贡献的教职员工。
      据悉,“中国科学院科大教育基金”设立后,中国科大的学生获得奖励和资助的面
    和力度将大幅提升。
    但愿这笔款能得到合理得安排,希望科大更好。
    May 12

    DFT方法和HF方法的比较。

    计算中非常常用的方法。DFT方法考虑了电子相关,而且算起来也快,所以很多人喜欢用,其中又以B3LYP最为常用,所以清楚每种方法的优劣和适用范围有利于我们对问题的理解。
      HF
    方法忽略的大部分的电子相关。相反,在很多时候DFT方法常常是过多的考虑了电子相关,这会使得过渡态的能量偏低,造成算出来的活化能偏低而且计算氢键的键能也会偏低。
      
    并且在计算有机分子的芳香性也不好,DFT会过多考虑电子离域,导致计算出来的能量偏低
      
    但对于过渡金属、有机生物分子,DFT方法都能很好的处理,这是它比其它方法好的地方。
      
    由于HF方法忽略了电子相关,所以在处理弱键的时候是不好的,所以我们一般也不用它来计算活化能(偏高)和解离能(偏低)并且在体系中如果有孤对电子、共扼体系的话,电子比较松散或者离域的比较厉害,这时候电子相关也很重要,HF方法也不能很好的定量解决。
       B3LYP
    与其它泛函相比,对分子基态得到的特性一般相差不大。所以B3LYP很常用也无可厚非。
      
    但是一些人用TDDFT算激发能也用B3LYP,而且只用B3LYP,很差的结果也拿出来发表,根本不考虑原因,这就有问题了。上个世纪末,很多使用TDDFT算激发能的文章都得到一个相同的结论,就是B3LYPTDDFT激发能计算的结果是不可靠的:对不同的分子体系,有的时候跟实验值相当接近,有的时候却差得不得了。因此在做TDDFT激发能计算的时候,应该多试几种泛函,特别是没有实验值,或者B3LYP的结果比较差的时候。如果图省事,想找一个通用的泛函作TDDFT计算,推荐用PBE极其几种改进版,Gaussian 98的用户可以用B3PW91。它们比较稳定,虽然不总是最好,但也不会太差。另外,HCTH系列泛函(特别是HCTH407)也值得一试。 
       B3LYP
    之所以计算TS能量会偏低,主要在于其交换相关势不够准确,特别是在长程区的渐近行为不够好,也正是如此,b3lyp是不可能准确计算氢键.上次徐昕老师在作报告时就提到了b3lyp在计算氢键和van der wal力结果是poor and bad,他发展的 X3LYP是可以得到较好的结果的.B3LYP计算弱相互作用体系He2是不成键的,X3LYP计算是成键的,所以X3LYP在远程势的渐近行为是比较好的,如果用来计算过渡态的话也比b3lyp要准确的多.当然,现在出现了很多的泛函结果都会比b3lyp准确,不过要加入程序还尚待时日,希望大家在计算前要仔细考虑所用的方法合不合适.

    Gaussian寻找过渡态经验小结

    寻找过渡态不是一件容易的事(对于我和大多数刚涉及量化的人来说),下面写写过程。
       1.
    首先遇到的问题是,用哪种方法来寻找过渡态?
       GAUSSIAN
    提供的方法是QSTNTSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物,过渡态的猜测结构,产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用,一般不会出现不收敛的情况。对于TSN(对应关键词为OPT=TS)方法,只要求输入过渡态的初始结构,但这个初始结构非常的关键,如果结构不好,则很容易出现不收敛的情况。建议如果是刚开始做过度态的话,用QSTN方法是好的选择,等有了感觉之后,再用TSN方法。
       2.
    怎么解决经常出现的错误?
       
    在找过度态的时候,经常碰到的一些问题就是(1)不收敛,(2)有一个错误的本征值(错误信息为:there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....),(3)和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况,可以分为两类,比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10-5),而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步,那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10-3)或10-2),此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER 此时可采用SCF=QC,来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QCLINK508)的计算量比默认的L502要大,所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用 关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数,但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPTMAXCYCLE=100)和SCFMAXCYCLE=300)来改错。
       3.
    怎么样控制过渡态的优化,使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去?
       
    GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ,当刚开始运行GAUSSIAN时,用GVIEW去打开输出文件时,可以看到你的过渡态的初始输入结构,当一个循环过后(从上一个LINK502到下一个LINK502),再打开输出文件,就可以清晰地看到优化一步后分子的构型,这样就可以随时监控过度态分子的结构,倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时,就可以把它给KILL了,而不至于需要等全部工作结束后,打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去,可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=23)即可。
       4.
    还需要加其它的关键词吗?
       
    建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。
       5.
    如何控制寻找过渡态的步长?
       
    这个可以用IOP来实现。具体相应的IOPiop(1/8)=2,此语句说明在找过度态的时候,以2AA为基本单位长度)为单位来寻找过渡态。

    Gaussian进行溶剂计算

    SCRF关键词,可以指定它给出的系列溶剂(默认为H2O
      
    可供选择的有19种溶剂,可以在SCRF关键词里面查到,也可以写成
      SCRF=N (N=1
    19,分别对应N所代表的溶剂)
      
    也可以用自己设定的溶剂
      
    但是要在输入它的介电常数和溶剂半径A0
      
    介电常数可以查化学手册,A0可以用Volume关键词进行计算
      
    计算方法可以选择PCMDipole两种模型
      e.g.
      # RHF/6-311++G(d,p) OPT=Vtight Freq SCRF(PCM,Solvent=4) Test
      
    在甲醇溶剂中用PCM方法进行优化和频率计算

    January 19

    《远大前程》(影片)简介

    Great Expectations

      故事发生在19世纪的英国。在皮普还是个15岁的孩子时,父母双亡,和姐姐、姐夫生活在一起。圣诞节前,皮普到墓地去悼念父母,遇到了越狱犯麦格维奇。皮普为他拿来了蛋糕充饥,令麦格维奇非常感动,但最后他还是被警察带走了。

      圣诞过后,皮普被邀请到村里最富有的哈维汉姆小姐家做客。这个老妇人新婚当天丈夫没有出现,从此便再也没有脱下婚纱,多年来一直生活在回忆里。尽管她拥有财富,却从没有得到过幸福,因此一直活在愤恨中,性格怪癖。当皮普怀着忐忑不安的心情踏入这所老房子时,遇到了哈维汉姆小姐收养的女孩埃斯特拉,从此便一发不可收拾地爱上了她。但埃斯特拉是个傲慢又刻薄的女孩,根本不把皮普放在眼里。这令皮普很伤心,他暗自下决心要成为一名绅士好让埃斯特拉不再歧视自己。

      机会终于来了。尽管皮普的姐夫只是一个铁匠,没有钱送他上学,但在几年后,突然有不愿意透露姓名的人提出资助皮普到伦敦去过上层社会的生活。皮普满心欢喜地来到伦敦,学习如何社交、如何跳舞、如何成为一名真正的绅士。此时的皮普已明显的感觉到自己无法再和做铁匠的姐夫顺畅沟通了,尽管是姐夫把他养大,感情也非常好。

      埃斯特拉此时已长成亭亭玉立的少女从国外学习归来。皮普找到她,却发现她不断穿梭于许多男人之间并选择了其中一个成为她的丈夫。皮普痛苦得无法自拔。而此时在背后资助皮普的人终于出现了,他就是多年前被皮普搭救过的麦格维奇。他再次越狱后赚下了很多钱,他希望以资助皮普的方式感激他。但这次麦格维奇的出现没有以往那样幸运了,他被警察抓到死在了监狱里。皮普的财产也被没收,顿时成了穷光蛋。皮普无法接受这样残酷的现实,大病一场。

      康复后的皮普认真审视自己,决定从头做起。几年后皮普凭借自己的努力,成为了真正拥有财富的绅士。他再次回到姐夫家中,和家人共度这一年的圣诞节。皮普在老房子里遇到了生活并不幸福的埃斯特拉,得知她从一开始就深爱着自己,但她是被哈维汉姆小姐收养用作报复男人的,她不愿皮普受到伤害才选择和别人结婚。隐藏在心中多年的情感终于爆发,这对有情人最终走到了一起。  

      该片又名《孤星血泪》,英国文豪查尔斯·狄更斯的著名小说改编。查尔斯·狄更斯是英国伟大的小说家,他的多部作品都曾被搬上银幕,如《雾都孤儿》、《双城记》等。ustc影视上有1946年拍的版本,中央六套翻译配音,还不错。

    December 15

    做理性的分析!

    没有理性就不是人了,一定要学着很理性才是。
    December 01

    Gaussian & Amber 对比。

    Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件,可以研究:
      分子能量和结构,过渡态的能量和结构,化学键以及反应能量,分子轨道,偶极矩和多极矩,原子电荷和电势,振动频率,红外和拉曼光谱,NMR,极化率和超极化率,热力学性质,反应路径。
      计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态。Gaussian 03还可以对周期边界体系进行计算。Gaussian是研究诸如取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具。

      Gaussian 98的功能有:
      基本算法
      可对任何一般的收缩gaussian函数进行单电子和双电子积分。这些基函数可以是笛卡尔高斯函数或纯角动量函数,多种基组存储于绦蛑校ü频饔谩;挚纱⒋嬖谀诖妫饨哟娲⑵魃希蛴玫绞敝匦录扑恪6杂谀承├嘈偷募扑悖扑愕幕ǚ芽梢允褂每焖俣嗉椒?FMM)和稀疏矩阵技术线性化。
      将原子轨道(AO)积分转换成分子轨道基的计算,可用的方法有in-core(将AO积分全部存在内存里),直接(不需储存积分),半直接(储存部分积分),和传统方法(所有AO积分储存在硬盘上)。
      能量
      使用AMBER,DREIDING和UFF力场的分子力学计算。
      使用CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, AM1,和PM3模型哈密顿量的半经验方法计算。
      使用闭壳层(RHF),自旋非限制开壳层(UHF),自旋限制开壳层 (ROHF) Hartree-Fock波函数的自洽场(SCF)计算。
      使用二级,三级,四级和五级Moller-Plesset微扰理论计算相关能。 MP2计算可用直接和半直接方法,有效地使用可用的内存和硬盘空间。
      用组态相互作用(CI)计算相关能,使用全部双激发(CID)或全部单激发和双激发(CISD)。 双取代的耦合簇理论(CCD),单双取代耦合簇理论(CCSD),单双取代的二次组态相互作用(QCISD), 和Brueckner Doubles理论。还可以计算非迭代三组态(以及QCISD和BD的四组态)的贡献。
      泛函数理论(DFT),包括LSDA, BLPY, Becke的1993三参数混合方法,Becke的1996单参数混合方法,和由此产生的变体,以及由使用者自行组合的Hartree-Fock和DFT的混合方法。
      自动化的高度准确能量方法:G1理论,G2理论和G2(MP2)理论;完全基组(CBS)方法: CBS-4, CSB-q, CBS-Q,CBS-Q//B3和CBS-QCI/APNO,以及一般CBS外插方法。
      广义MCSCF,包括完全活性空间SCF(CASSCF),并允许包含MP2相关作用计算。算法的改善使得Gaussian 98可处理12个以内的活性轨道。
      广义价键结-完全配对(GVB-PP) SCF方法。
      对Hartree-Fock和DFT方法计算在取消限制后,测试SCF波函数的稳定性。
      使用单激发组态相互作用(CI-Singles)方法,HF和DFT的含时方法,和ZINDO半经验方法,计算激发态能量。梯度和几何优化
      解析计算RHF,UHF,ROHF,GVB-PP,CASSCF,MP2,MP3,MP4(SDQ),CID,CISD,CCD,QCISD,密度泛函和激发态CIS能量的核坐标梯度。以上后-SCF方法可以利用冻结核近似。 使用内坐标,笛卡尔坐标或混合坐标,自动进行几何优化到能量最小或鞍点结构。不论输入结构使用何种坐标系统,优化计算的默认执行使用冗余内坐标。
      使用同步过渡引导的准Newton方法,自动进行过渡态搜寻。
      使用反应内坐标(IRC)计算化学反应路径。
      对能量和几何优化进行二或三层ONIOM计算。
      同时优化过渡态和反应路径。
      使用态平均CASSCF进行圆锥截面优化计算。
      沿着指定的反应路径对过渡结构定位能量最大点的IRCMax计算。
      直接动力学轨迹计算,其中的经典运动方程集成了解析二级导数。频率和二级导数
      对RHF,UHF,DFT,RMP2,UMP2,和CASSCF方法,和用CIS方法计算的激发态等的力常数(对核坐标的二次导数),极化率,超极化率,和偶极矩解析导数的解析计算方法。
      对MP3,MP4(SDQ),CID,CISD,CCD,和QCISD方法的能量或梯度的数值微分,计算力常数,极化率和偶极矩导数。 使用任意同位素,温度,和压强做谐振分析和热化学分析。
      决定振动跃迁的红外和拉曼光谱强度。
      分子特性
      使用SCF,DFT,MP2,CI,CCD,QCISD方法求解各种单电子性质,如Mulliken布居分析,多极矩,自然布居分析,静电势,以及使用 Merz-Kollman-Singh 方法,CHelp方法,或CHelpG方法由静电势计算的原子电荷。
      用SCF,DFT和MP2方法,计算NMR屏蔽张量和分子的磁化系数。
      振动圆二色性(VCD)强度。
      分子内原子理论的成键分析和原子性质。
      用传播算子方法计算电子亲和能和电离势。
      CASSCF计算中可计算两自旋状态间的近似自旋轨道耦合。溶剂模型所有这些模型使用自洽反应场(SCRF)方法模拟在溶液中的分子系统。
      Onsager模型(偶极和球反应场),包括在HF和DFT级别解析的一级和二级导数,在MP2,MP3,MP4(SDQ),CI,CCD和QCISD级别的单点能计算。
      Tomasi等人的解析HF,DFT,MP2,MP3,MP4(SDQ),QCISD,CCD,CID和CISD能量与HF和DFT梯度的极化连续重叠球状反应场(PCM)模型。
      在HF和DFT级别上,解析能量的IPCM(静态等密度曲面)模型。
      在HF和DFT级别上的SCI-PCM(自洽等密度曲面)模型,用解析方法计算能量和梯度,数值方法计算振动频率。
      2003年,Gaussian从98升级到03,参见Gaussian 03简介。G03W的界面和G98W相比,没有什么变化,G98W的用户不需要重新熟悉界面。
      Gaussian 03新增加了以下内容:
      新的量子化学方法
      (1) ONIOM模块做了增强对ONIOM(MO:MM)计算支持电子嵌入,可以在QM区域的计算中考虑MM区域的电特性。通过算法的改善,ONIOM(MO:MM)对大分子(如蛋白质)的优化更快,结果更可靠。ONIOM(MO:MM)能够计算解析频率,ONIOM(MO:MO)的频率计算更快。提供对一般分子力场(MM)的支持,包括读入和修改参数。包含了独立的MM优化程序。支持任何ONIOM模拟的外部程序。
      (2) 修改和增强了溶剂模块改善和增强了连续介质模型(PCM):默认是IEFPCM模型,解析频率计算可以用于SCRF方法。此外改善了空穴生成技术。模拟溶液中的很多特性。可以对Klamt的COSMO-RS程序产生输入,通过统计力学方法,用于计算溶解能,配分系数,蒸汽压,以及其它整体性质。
      (3) 周期性边界条件(PBC)增加了PBC模块,用于研究周期体系,例如聚合物,表面,和晶体。PBC模块可以对一维、二维或三维重复性分子或波函求解具有边界条件的Schrodinger方程。周期体系可以用HF和DFT研究能量和梯度;
      (4) 分子动力学方法动力学计算可以定性地了解反应机制和定量地了解反应产物分布。计算包含两个主要近似:Born-Oppenheimer分子动力学(BOMD), 对势能曲面的局域二次近似计算经典轨迹。计算用Hessian算法预测和校正走步,较以前的计算在步长上能够改善10倍以上。还可以使用解析二级导数,BOMD能够用于所有具有解析梯度的理论方法。提供原子中心密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,用于Hartree-Fock和DFT。吸取了Car和Parrinello的经验,ADMP传递电子自由度,而不是求解每个核结构的SCF方程。与Car-Parrinello不同之处在于,ADMP传递密度矩阵而不是MO。如果使用了原子中心基组,执行效率会更高。这一方法解决了Car-Parrinello存在的一些限制,例如,不再需要用D代替H以获得能量守恒,纯DFT和混合DFT均可使用。ADMP也可以在溶剂存在的情况下执行,ADMP可以用于ONIOM(MO:MM)计算。
      (5) 激发态激发态计算方面做了增强:由于改善了在完全组态相互作用计算中求解CI矢量的算法,提高了CASSCF执行效率。对能量和梯度计算可以使用约14个轨道(频率计算仍是8个)。限制活性空间(RAS)的SCF方法。RASSCF把分子轨道分成五个部分:最低的占据轨道(计算中作为非活性轨道考虑),计算中作为双占据的RAS1空间,包含对所研究问题非常重要分子轨道的RAS2空间,弱占据的RAS3空间,以及未占据轨道(计算中做冻结处理)。因此,CASSCF在RAS计算中分成三个部分,考虑的组态通过定义RAS1空间允许的最少电子数和RAS3空间允许的最多电子数,以及三个RAS空间电子总数来产生。NBO轨道可用于定义CAS和RAS活性空间。对于对应成键/孤对电子的反键轨道可以提供相当好的初始猜测。对称性匹配簇/组态相互作用(SAC-CI)方法,用于有机体系激发态的高精度计算,研究两个或更多电子激发的过程(例如电离谱的扰动),以及其它的问题。CIS,TD-HF和TD-DFT的激发态计算中可以考虑溶剂影响。
      新的分子特性
      (1) 自旋-自旋耦合常数,用于辅助识别磁谱的构像。
      (2) g张量以及其它的超精细光谱张量,包括核电四次常数,转动常数,四次离心畸变项,电子自旋转动项,核自旋转动项,偶极超精细项,以及Fermi接触项。所有的张量可以输出到Pickett的拟合与光谱分析程序。
      (3) 谐性振-转耦合常数。分子的光谱特性依赖于分子振、转模式的耦合。可用于分析转动谱。
      (4) 非谐性振动及振-转耦合。通过使用微扰理论,更高级的项可以包含到频率计算中,以产生更精确的结果。
      (5) 预共振Raman光谱,可以产生基态结构,原子间连接,以及振动态的信息。
      (6) 旋光性以及旋光色散,通过GIAO计算,用于识别手性体系的异构体。
      (7) 电子圆二色性(ECD)。这一特性是光学活性分子在可见-紫外区域的差异吸收,用于归属绝对构型。预测的光谱还可用于解释已存在的ECD数据和归属峰位,
      (8) 含频极化和超极化,用于研究材料的分子特性随入射光波长的变化。
      (9) 用量度无关原子轨道(GIAO)方法计算磁化率,它类似于电极化率,用于研究分子的顺磁/反磁特性。
      (10) 预测气相和在溶剂中的电、磁特性和光谱。
      (11) ONIOM预测电、磁特性。
      新增加的基本算法
      (1) 更好的初始轨道猜测。Gaussian 03使用Harris泛函产生初始猜测。这个泛函是对DFT非迭代的近似,它产生的初始轨道比Gaussian 98要好,例如,对有机体系有所改善,对金属体系有明显改善。
      (2) 新的SCF收敛算法,几乎可以解决以前所有的收敛问题。对于其它极少数的不收敛情况,Gaussian 03提供了Fermi展宽和阻尼方法。
      (3) 纯DFT计算的密度拟合近似。这一近似在计算库仑相互作用时,把密度用一组原子中心函数展开,而不是计算全部的双电子积分。它用线性标度的算法,对中等体系的纯DFT计算可以极大地提高计算效率,而又不损失多少精度。Gaussian 03可以对AO基自动产生合适的拟合基,也可以选择内置的拟合基。
      (4) 更快的自动FMM方法,用于适中的体系(纯DFT约100个原子,混合DFT约150个原子)。

      (5) 对纯DFT使用更快的库仑能算法,节省库仑问题的CPU时间。
      (6) O(N)更精确的交换能量项。在Hartree-Fock和DFT计算中,通过删除密度矩阵的零值项来屏蔽精确的交换贡献。这可以节省时间,而又不损失精度。
      新增功能:
      (1) 新的密度泛函:OPTX交换,PBE和B95相关,VSXC和HCTH纯泛函,B1及其变体B98,B97-1,B97-2,PBE1PBE混合泛函。
      (2) 高精度能量方法:G3及其变体,W1方法。另外还包含W1BD,它用BD代替耦合簇,比CBS-QB3和G3更精确,当然计算也更加昂贵。
      (3) 对重元素全电子基组计算的Douglas-Kroll-Hess标量相对论修正,用于当ECP基组不能满足精度的情况。
      (4) 逼近基组极限的UGBS基组。

    Amber是程序套件集合的名称,用于分子(特别是生物分子)的动力学模拟,并不是哪个具体的程序叫这个名称,而是很好地协调工作的各个程序部分一起提供了一个强大的理论框架,用于多种通用计算。AMBER提供两部分内容:用于模拟生物分子的一组分子力学力场(无版权限制,也用于其它一些模拟程序中);分子模拟程序软件包,包含源代码和演示。AMBER当前的版本是8.0 (2004)。
    发布版包含了大约60个程序,它们相当好地协调工作。主要的程序有:
      sander:用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数,进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序。
      gibbs:程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积分(TI),还允许平均力势(PMF)的计算。
      roar:进行QM/MM计算,“真正的”Ewald模拟,以及备用的分子动力学积分程序。
      nmode:使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序,用于寻找局域最小值,进行振动分析,寻找过渡态。
      LEaP:X-window程序,用于基本模型,AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器,可以创建基团和操作分子。
      antechamber:该程序套件对大多数有机分子自动产生力场描述。它从结构开始(通常是PDB格式),产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致。
      ptraj和carnal:用于分析MD轨迹,计算参考结构的RMS偏差,氢键分析,时间相关函数,扩散特性,等。
      mm_pbsa:脚本,对MD轨迹自动后期处理,用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的基团片断中去,并估算不同构像之间的自由能量差。

      8.0版的新功能:
      1. 力场。加入四个新力场:基于连续溶剂环境量子计算,重新参数化的全部原子蛋白质力场(ff03);对分子的应用范围作了大幅扩充的普通Amber力场(gaff)适用于共轭体系;新版的多糖力场(glycam04);以及QM/MM工具,体系的一部分可以使用半经验方法(如AM1,PM3)得到的能量和力。
      2. 广义Born (GB)模型。新参数化后的Amber 8提高了Poisson-Boltzmann结果的精度,计算更快。GB模型可以使用局部增强取样(LES)方法,以及执行恒定pH模拟。Langevin动力学可以模拟溶剂摩擦的影响。
      3. 溶剂模拟。可以用考虑长程静电影响的Poisson-Boltzmann反应场模型进行非周期性模拟。溶剂的周期性计算较前一版本更快,在并行环境下标度更好。
      4. 取样与自由能计算:支持副本交换(或“多正则”)模拟,对模拟平均场的势和热力学整体自由能的方法进行改善。
      5. 连接到其它程序。Amber可以使用MD-GRAPE硬件,可以连接到Istvan Kolossváry的LMOD方法用于对接和构象分析。Amber组件还可以包含半经验量子计算和有限差分Poisson-Boltzmann计算程序。

    9.0版的新增功能
    1. 力场:多种新的力场类型,包括:对已有的f99和ff02蛋白质力场进行的升级,对肽和蛋白质的扭转参数做了改善;新的联合原子力场,使用与ff03全原子力场类似的驱动体系;扩充了gaff力场,增加了分子的适用范围,特别是对共轭体系;支持Ren和Ponder的AMOEBA极化势;半经验的价键模型,可用于对化学反应构造近似的势。
    2. QM/MM模拟:QM/MM支持气相、隐含液相,以及周期边界条件模拟,体系的QM部分可以来自半经验方法,如MNDO,AM1,PM3,或PM3/PDDG。与早期版本相比,QM/MM改善了精度、能量收敛及程序的性能。气相或溶剂层的QM/MM模拟还可以用MNDO/d或SCC-DFTB哈密顿量。对已几百个原子的大型量子区,可以使用分而治之的线性标度方法,化学位移可以从半经验波函计算。
    3. 广义Born模型:成对的分子体积校正,对于分子表面Poisson-Boltzmann和显式溶剂结果的符合程度,比以前的Amber GB模型更好。
    4. 升级了Poisson-Boltzmann应用程序,包括:新的非键程序;基于显式溶剂自由能模拟,重新优化的原子空穴半径;改善了静电势显示选项;以及新的非极化溶剂模型用于直接处理弥散相互作用,可以极大地改善显式溶剂中非极化溶剂自由能的关联。
    5. 拉皮筋的模拟方法,用于搜索复变换中的近似过渡态。自动导向的Langevin动力学方法可以加速构象搜索。
    6. 路径积分分子动力学模拟,对核运动使用量子动力学而不是牛顿方程,用于简化平衡正则分布。
    7. 用Jarzynski等式,从非平衡“靶向”或“拉伸”模拟估算自由能。
    8. 升级了仿形交换方法,包括改善了标准仿形交换代码,并支持一些新的仿形交换方法,其中使用混合溶剂模型,对显式溶剂中的大体系可减少所需的仿形数量。
    9. 对扩充的程序pmemd在速度和并行标度方面的一般改善,现在包含了广义Born功能。
    10.sander,pmemd 和ptraj现在支持NetCDF二进制轨迹文件。与格式化的轨迹文件相比,二进制轨迹文件更小,精度更高,读写速度更快。NetCDF为文件可移植性提供了交叉结构,允许格式向下兼容,并使文件自说明。VMD 1.8.4支持此文件格式。(可惜最新的版本9卖到20000美元一套,很郁闷。

    发现一个新的软件-Spartan

    分子力学计算的一个新的软件,貌似不错的样子,好像德国科隆大学的计算科学中心也正在用,好好学一下,估计会有用。

    Spartan'06 Essential for Windows

    Ideally suited for academic teaching labs. The "Essential" edition includes the same easy-to-use graphical interface as Spartan'06 to access molecular mechanics and quantum chemical methds that have become modern chemistry education standards.

    Available November 15th!!

    软件说明:

    图形界面的量子化学从头计算程序。
    1. 理论方法:从头Hartree-Fork,密度泛函(局域密度近似,以及BP,BLYP,EDF1,B3LYP),MPn(MP2,MP3,MP4,LMP2),更高级的相关能计算(CCSD,CCSD(T),OD,OD(T),G2,G3),半经验方法(MNDO,MNDO(d),AM1,PM3),蒙特卡罗和分子力学。
      2. 计算类型:单点能计算,几何优化,组态分析,预测化学反应,平衡位置和过渡态寻找,水溶液的SM5.4能量计算,Mulliken和NBO的布居分析。
      3. 全部计算和结果的显示都在图形界面下完成。
      Spartan'04的新功能:
      1. 图形用户界面:
      从计算的IR数据绘制红外光谱图,从Hartree-Fock分子轨道理论绘制13C NMR图,Spartan分子数据库及搜索,显示氢键,产生和跟踪内反应坐标(IRC),输入和输出SDF,TGF,MOL各式的分子坐标文件,手性中心转置,用户控制动画速度,显示键型,在对话框中加入帮助功能。
      2. 计算功能增强(部分功能来自Q-Chem):NMR谱(用Hartree-Fock模型计算化学位移,DFT模型正在开发),紫外/可见光谱(用Hartree-Fock + CIS,或者DFT + TDDFT模型计算垂直激发能),构象搜索,内反应坐标。

    November 19

    不想学量化了。

    真烦人。希望丁mm能帮我,yeah,哈哈。
    October 31

    记住了,乔,其实你什么都不是。

    有时候生活中也许我们会高估自己,无论是能力还是地位,价值。都可能有错误的定位,所谓,要时刻提醒自己,别太高估了自己。你只是一个平凡的普通的人。
    记住了,乔,其实你什么都不是。
    October 27

    什么是科研?

    最近心情有点小郁闷,到底什么是科研,就我们实验室来说,太沉闷乏味,做的课题没什么创新的意思,这样下去最多只能发几篇垃圾文章而已,该怎么办呢?
    October 24

    X射线

    X射线激光的发展和应用是当今激光科学技术发展中的重大前沿课题之一,独特的优点使得X射线激光在物理学、生物学、化学、材料学以及惯性约束聚核变(ICF)等领域有着巨大的应用前景。自从首次在实验室获得X射线激光的演示以来,就获得了广泛的关注和研究,不仅是X射线激光本身的研究,还包括在各方面的应用研究尝试。这么多,我该写什么才能交了这门课的论文呢?
    October 21

    学会看着别人的眼睛说话。

    听说这个很有意义,咱也要试着用用看。
    October 07

    做个好人!

    从今天起,用心看书,做个好人,忘记该忘记的事,不做不该做的事!